Schon viele Tausende von Jahren vor den Geschehnissen des Spiels bekriegten sich auf Rubi-Ka die Vorfahren der jetzigen Menschheit wegen der Quelle des Lebens. Die Unredeemed beuteten den Planeten aus, während die Verlierer der Auseinandersetzung, die Redeemed die Galaxie besiedeln mussten. Seit diesem Zeitpunkt versuchten die Unredeemed wieder Zugang zu den Shadowlands zu erlangen. Heute haben es die Wissenschaftler aus Jobe schon geschafft ein „Tor“ in die Shadowlands zu öffnen, wo sie auf ihre Vorfahren treffen.

Hat man sich mit Benutzernamen und Passwort zum ersten Mal eingeloggt, beginnt man gleich mit der Charaktererstellung. Als erstes legt man die Rasse fest. Zur Auswahl stehen Solitus, Opifex, Nanomage und Atrox. Zusätzlich kann man bei den drei Erstgenannten das Geschlecht festlegen, was bei Atrox nicht möglich ist, da es bei dieser Rasse keine unterschiedlichen Geschlechter gibt. Hat man sich für eine der vier Möglichkeiten entschieden, geht es nun darum das Aussehen seines künftigen Charakters zu bestimmen. Bestimmt werden kann das Gesicht, die Statur und die Größe des Recken. Anschließend muss man sich für einen der vierzehn verschiedenen Berufe entscheiden, und seinem Charakter einen Namen geben. Bei den Berufen reicht die Auswahl von Nahkämpfern bis zu Ingenieuren. Zu guter Letzt wählt man noch die Seite der man angehören will. Dabei muss man sich entscheiden, ob man den Omni-Tek, oder den Clans beitreten will, oder lieber Neutral bleiben will. Für die neuen zwei Berufe Keeper und Shade gibt es diese Auswahl nicht, sie müssen in Jobe starten. Zu Beginn des Spiels findet man sich dann in einer Art Trainingsgelände wieder, wo einfache Monster anzutreffen sind, und wo man die Grundfunktionen des Spiels leicht lernen kann. Tipps die immer wieder eingeblendet werden, helfen zusätzlich sich zu Beginn in der Welt von Anarchy Online zurechtzufinden. In diesen Trainingsgeländen trifft man auch zum ersten Mal andere Spieler, und kann sich mit diesen zusammenschließen.

Alle Gegenstände, Nanos, und Implantate haben eins gemeinsam: Sie haben alle spezielle Mindestanforderungen an Skills um getragen zu werden. Zur Auswahl stehen viele verschiedene Skills, die bestimmte Werte steigern, oder spezielle Aktionen ermöglichen. Für jedes Level das der Charakter aufsteigt bekommt er eine bestimmte Menge an so genannten IP’s mit denen die Skills erlernt werden. Manche Skills sind „billiger“ als andere und verbrauchen weniger IP’s zum Erlernen. Ein Level aufsteigen kann man indem man genügend Erfahrungspunkte sammelt. Diese erhält man für das Töten von Monstern, und das erfolgreiche Abschließen von Missionen.
Nanos sind vergleichbar mit Zaubern in anderen Spielen, sie werden erlernt und können dann beliebig oft angewendet werden (solang genug Mana vorhanden ist). Diese Nanos haben verschiedenste Wirkungen, z.B. kann man mit ihnen heilen, Attribute erhöhen, oder einen Schutzschild erzeugen. Einige Nanos sind klassenspezifisch, andere sind für alle Klassen zugänglich.
Zusätzlich zu den Gegenständen (Rüstungen, Waffen, usw.) gibt es noch Implantate. Diese werden an „Surgery Clinic“ Terminals eingepflanzt, und bringen Erhöhungen von Werten mit sich.

Shadowlands bringt mehrere interessante Neuerungen gegenüber Anarchy Online mit sich. So wurde die Levelbegrenzung von 200 auf 220 angehoben, was einen neuen Anreiz für „ältere“ Spieler darstellt. Neu ist auch die schwebende Stadt Jobe, die von abtrünnigen Omni-Tek Wissenschaftlern errichtet wurde, die das neutrale Leben bevorzugten. In Jobe wurden die Forschungen der Wissenschaftler vorangetrieben, und die Stadt entwickelte sich zur Heimat der Nanotechnologie. Mithilfe dieser neuen Technologie gelang es den Wissenschaftlern ein Portal in die Vergangenheit der Menschen, die Shadowlands zu schaffen. Diese Shadowlands sind jetzt zugänglich für alle Spieler.
Außerdem wurden sieben neue Playfields hinzugefügt (Nascence, Elysium, Sheol, Adonis, Penumbra, Inferno, The Brick).
Neben neuen Gegenständen und Waffen wurden auch neue Monster hinzugefügt, die vor allem in den Shadowlands vorkonmmen.
Zusätzlich gibt es nun zwei neue Berufe zu erlernen: Keeper und Shade.
Der Keeper ist ein Nahkämpfer, und ähnelt ein wenig einem Ritter. Seine Nanos bestehen hauptsächlich aus Auren, er hat keine debuffenden Nanos. Das besondere am Keeper ist seine Spezialattacke ( „Righteous Fury“ auf Seiten von Omni-Tek, „Unhallowed Fury“ auf Seiten von Clan), deren Stärke mit dem Level des Charakters ansteigt. Als Neutraler Spieler hat man jedoch nicht die Möglichkeit diese Spezialattacke einzusetzen.
Der Shade ist auch ein Nahkämpfer, er ist jedoch eher auf Teamplay ausgelegt, da er nur relativ wenige Lebenspunkte besitzt. Unter seinen Nanos sind viele Selbstbuffs. Das besondere an ihm ist, dass der Shade keine Implantate benutzen kann. Stattdessen hat er gefangene Geister, die ihm ähnliche Boni einbringen, der Vorteil daran ist, dass keine Surgery Clinic benötigt wird um diese Geister einzusetzen.
Neu in Shadowlands sind außerdem die „Perks“. Das sind Spezialfertigkeiten, wie extra Buffs oder Spezialattacken. Ein Perk kann alle zehn Level, und von Level 200-220 bei jedem Level erlernt werden. Man kann also insgesamt 40 Perks lernen. Diese können auch wieder verlernt werden, um einen anderen Perk auszuprobieren. Viele dieser Perks kommen erst richtig zur Geltung wenn sie zusammen mit den Perks anderer Berufe eingesetzt werden, und damit kombiniert werden.

Die Grafik wurde gegenüber Anarchy Online sehr deutlich verbessert, was auch nötig war um mit anderen aktuellen Spielen mitzuhalten. Jetzt gibt es viele neue Texturen, und es werden mehr Polygone für die Darstellung verwendet. Die Umgebung ist sehr abwechslungsreich und selten langweilig, vor allem Jobe, die neue Stadt ist sehr schön gestaltet worden. Mit der tollen Aussicht ist es einfach schön dort umherzulaufen, und die Welt zu bewundern.
Die Monstersounds wurden kräftig überarbeitet und verbessert, und wirken jetzt besser. Die Musik ist schön, nie nervend, und passt sich an je nachdem in welchem Gebiet, und welcher Situation man sich befindet. Durch den Sound wird eine schöne Spielatmosphäre erschaffen, in der das Spiel viel Spaß macht.